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plot-R用聚类绘制热图,但隐藏树状图

(plot - R draw heatmap with clusters, but hide dendrogram)

发布于 2015-04-27 10:49:11

默认情况下,Rheatmap将对行和列进行聚类:

mtscaled = as.matrix(scale(mtcars))
heatmap(mtscaled, scale='none')

在此处输入图片说明

我可以禁用群集:

heatmap(mtscaled, Colv=NA, Rowv=NA, scale='none')

然后树状图消失了:在此处输入图片说明

但是现在数据不再聚类了。

我不希望显示树状图,但我仍然希望将行和/或列进行聚类。我怎样才能做到这一点?

我想要的例子:在此处输入图片说明

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Prasanna Nandakumar 2015-04-27 19:08:58
library(gplots)
heatmap.2(mtscaled,dendrogram='none', Rowv=TRUE, Colv=TRUE,trace='none')

Rowv -is TRUE,表示树状图根据行均值进行计算和重新排序。

Colv -列应与行相同。

在此处输入图片说明