温馨提示:本文翻译自stackoverflow.com，查看原文请点击：ggplot2 - R ggtree: How to label single tree tip with ggtree similar to labeling nodes with geom_cladelabel
ggplot2 - R ggtree：如何使用ggtree标记单个树梢，类似于使用geom_cladelabel标记节点
发布于 2020-06-06 15:10:51
我在用ggtree标记树中的单个提示时遇到了麻烦。我正在尝试使用geom_hilight和geom_cladelabel突出显示和标记树中的节点。这对于具有超过1个树梢的节点似乎可以正常工作，但是当我尝试标记单个树梢时，会收到警告消息，并且该树梢没有被标记。
例：
library(dplyr)
library(ggtree)
library(dplyr)
library(ggtree)
#Create tree
set.seed(123)
tree <- rtree(30)
ggtree(tree)
#Highlight and label clade
ggtree(tree) + geom_text(aes(label=node)) + geom_tiplab(size=3, offset=0.1) +
geom_hilight(node=3, fill="steelblue", alpha=0.5) +
geom_hilight(node=38, fill="pink", alpha=0.5) +
geom_cladelabel(node=38, label="clade 2", align=T,
color='black', fontsize=4)
如您所见，我可以使用geom_hilight突出显示节点38和3。我还用geom_cladelabel的文本“ Clade 2”标记了节点38。
但是，当我尝试用geom_cladelabel标记节点3时，会收到警告消息：
#Highlight and label single tip
ggtree(tree) + geom_text(aes(label=node)) + geom_tiplab(size=3, offset=0.1) +
geom_hilight(node=3, fill="steelblue", alpha=0.5) +
geom_hilight(node=38, fill="pink", alpha=0.5) +
geom_cladelabel(node=3, label="clade 1", align=T,
color='black', fontsize=4) +
geom_cladelabel(node=38, label="clade 2", align=T,
color='black', fontsize=4)
Warning messages:
1: In max(sp.df$x, na.rm = TRUE) :
no non-missing arguments to max; returning -Inf
2: In min(y) : no non-missing arguments to min; returning Inf
3: In max(y) : no non-missing arguments to max; returning -Inf
4: In max(sp.df$x, na.rm = TRUE) :
no non-missing arguments to max; returning -Inf
5: In min(y) : no non-missing arguments to min; returning Inf
6: In max(y) : no non-missing arguments to max; returning -Inf
进化枝标签上的线由于某种原因而最终覆盖了整棵树：
有没有一种方法可以像clade_geomlabel一样为常规节点标记单个尖端？
任何帮助表示赞赏。
提问者
Kak Schoen
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我将我的tidytree软件包从0.2.8更新到0.3.2，并得到了与您相同的结果。非常感谢 ：）
嘿，不客气:)很高兴最终为您服务。