erilu
2020-03-06 13:20
R包中的VlnPlot函数用于绘制小提琴图。这意味着我们可以使用修改y轴。Seuratggplot2scale_y_continuous
在您的情况下，要将小提琴图的y轴更改为3000-10000，我们可以这样写：
VlnPlot(object, features, cols = NULL, pt.size = 0.1) + scale_y_continuous(limits = c(3000,10000))
为了向您展示一个可重现的示例，我们可以使用包中的pbmc_small数据集绘制小提琴图Seurat：
VlnPlot(pbmc_small, "CD3E")
上图的默认轴为0到6.3附近。这是使用更改y轴后的相同图scale_y_continuous，其中我将0放大到3：
VlnPlot(pbmc_small, "CD3E") + scale_y_continuous(limits = c(0,3))
Seurat软件包中的许多其他可视化文件也使用ggplot2，因此您可以使用各种ggplot2命令（主题，轴标签，颜色等）对它们进行所有类型的外观更改。
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